وبعد انتهاء الحرب عام 1988، التحق بكلية القيادة والأركان وتخرج بدرجة الماجستير في إدارة الدفاع من جامعة آزاد الإسلامية، التي أسسها الراحل رئيس تشخيص مصلحة النظام الإيراني هاشمي رفسنجاني.
وما بين عام 1992 و1997 كان يشغل منصب أحد قادة الحرب ضد العراق، ومن عام 1997 وحتى 2005، شغل منصب نائب قائد الأركان المشتركة في الحرس الثوري.
كما تولى رئاسة جامعة ”دافوس“، وهي جامعة عسكرية تقع بالعاصمة طهران، متخصصة في تأهيل وإخضاع العسكريين لدورات القيادة العسكرية للحصول على شهادات عليا.
كما شغل منصب قائد القوات الجوية لسلاح الجو التابع للحرس الثوري الإيراني من 2005 إلى 12 أكتوبر 2009، وهو عضو حالي بكلية جامعة الدفاع الوطني، ومنذ عام 2009 تم تعيينه بمنصب نائب القائد الأعلى لقوات الحرس الثوري.
وأعرب خامنئي، في مرسوم صدر عنه بهذا الصدد ونشره موقعه الرسمي، عن شكره لجعفري على خدمته في قيادة الحرس الثوري الإيراني، المنصب الذي تولاه منذ 1 سبتمبر 2007، فيما أعلن في الوثيقة ذاتها عن تعيين سلامي قائدا جديدا لقوات النخبة هذه مع ترقية رتبته إلى درجة لواء.
وقال خامنئي في المرسوم، موجها خطابه إلى سلامي: ”نظرا إلى رأي اللواء محمد علي جعفري بضرورة التغيير في قيادة حرس الثورة الإسلامية وبعد التقدير للخدمات القيمة والجسيمة والخالدة التي قدمها على مدى عقد من الزمان، وكذلك ونظرا إلى كفاءتكم وتجاربكم القيمة في الإدارة العامة وتصديكم للمسؤوليات المختلفة في الأجهزة الثورية والجهادية والشعبية لحرس الثورة الإسلامية، قررت منحك رتبة لواء وتعيينك قائدا عاما لحرس الثورة الإسلامية“.
كما أصدر ”خامنئي“ مرسوما منفصلا، عين بموجبه جعفري مسؤولا لمقر بقية الله الثقافي الاجتماعي.
ويأتي قرار ”خامنئي“ عشية ذكرى تأسيس الحرس الثوري الإيراني، الذي يصادف اليوم الاثنين أو ما يعرف في إيران باليوم الثاني من شهر ”ارديبهشت“ وهو الشهر الثاني من السنة الإيرانية.
ويخضع الحرس الثوري بكافة صنوفه لإدارة المرشد علي خامنئي في قرارات عزل وتعيين المسؤولين فيه، ووضعت إدارة الرئيس الأمريكي دونالد ترامب الحرس على قائمة المنظمات الإرهابية مؤخراً.
